Выпускник Уральской государственной консерватории. С 1986 г. работает кон-цертмейстером, с 1998 г. - солистом Омской филармонии (баян). Является членом Омского отделения Союза композиторов.
Замечательная техника владения инст-рументом позволяет Сергею Чупахину исполнять не только народные мелодии и обработки для баяна, но и классические произведения. Большой успех у публики имел дуэт С. Чупахина и В. Шурыгина (балалайка). Записи в исполнении дуэта вошли в фонд Центрального радио СССР.